Het grootste binnenwater in Japan is de Seto Inland Sea, die ook wel de Binnenzee wordt genoemd. Het is een zeestraat die de Japanse eilanden Honshu, Shikoku en Kyushu met elkaar verbindt. De Seto Inland Sea is een belangrijke handelsroute en is ook een populaire bestemming voor toeristen. De zeestraat is ongeveer 500 kilometer lang en 20 tot 40 kilometer breed. Het is een relatief ondiepe zeestraat, met een gemiddelde diepte van ongeveer 30 meter. De Seto Inland Sea is een belangrijke habitat voor een verscheidenheid aan zeeleven, waaronder vissen, schaaldieren en zeezoogdieren.