Het riviertje dat door Alphen aan de Rijn stroomt is de Aar. De Aar is een Zuid-Hollands riviertje dat ontspringt in de Jacobswoudepolder, door Ter Aar, Langeraar en Alphen aan den Rijn stroomt en daar in de Oude Rijn uitmondt. Het riviertje heeft een lengte van ongeveer 20 kilometer.
De Aar is een deels gekanaliseerde rivier. In het verleden werd de Aar regelmatig overstroomd, waardoor de rivier werd gekanaliseerd om de overstromingen te voorkomen. Dit heeft ertoe geleid dat de Aar tegenwoordig een meer rechtlijnig verloop heeft dan vroeger.
De Aar is een belangrijke waterweg voor Alphen aan den Rijn. Het riviertje wordt gebruikt voor recreatie, zoals varen en vissen. Ook wordt de Aar gebruikt voor de afvoer van regenwater.
In het centrum van Alphen aan de Rijn stroomt de Aar door enkele winkelstraten. Het riviertje vormt een belangrijke groene oase in het centrum van de stad.
De Aar is een belangrijk onderdeel van het landschap en de cultuur van Alphen aan den Rijn.