Jelka van Houten heeft drie kinderen. Uit haar eerste huwelijk met Koppe Koppeschaar heeft ze twee kinderen:
- Walt, geboren in 2011
- Jean, geboren in 2016
In 2020 kreeg ze met haar huidige partner Henry van Loon een dochter:
- Bonnie, geboren in 2020
Jelka van Houten probeert haar kinderen uit de media te houden. Ze deelt geen foto’s van hen op sociale media en geeft er niet over uit in interviews.