Willem Jacobus Eijk werd op 22 juni 1953 geboren in Duivendrecht. Hij studeerde geneeskunde aan de Universiteit van Utrecht en promoveerde in 1981 op het proefschrift “De ethische aspecten van de vruchtbaarheidsbehandeling”. Na zijn studie werkte hij als arts en hoogleraar medische ethiek aan de Universiteit van Utrecht.
In 1999 werd Eijk benoemd tot bisschop van het bisdom Groningen-Leeuwarden. Hij was de eerste bisschop van dit bisdom die na de Tweede Wereldoorlog werd geboren. Als bisschop van Groningen-Leeuwarden zette Eijk zich in voor de vorming van priesters, diakens en pastoraal werkers. Ook was hij een voorstander van het evangelisatiewerk en het jongerenpastoraat.
Op 11 december 2007 werd Eijk benoemd tot aartsbisschop van Utrecht. Hij volgde hiermee kardinaal Simonis op, die in 2007 met emeritaat ging. Als aartsbisschop van Utrecht is Eijk de metropoliet van de Nederlandse kerkprovincie. Hij is ook lid van de Congregatie voor de Geloofsleer, een van de belangrijkste dicasteries van het Vaticaan.
Eijk is een conservatieve theoloog. Hij staat bekend om zijn standpunten over onder meer abortus, euthanasie en homoseksualiteit. Hij is tegen abortus en euthanasie en vindt dat homoseksualiteit een zonde is. Deze standpunten hebben tot controverse geleid in Nederland.
In 2012 werd Eijk door paus Benedictus XVI benoemd tot kardinaal. Hij is de eerste Nederlandse kardinaal sinds kardinaal Simonis in 1985.